Shadow Tactics: Blades of the Shogun thuộc thể loại chiến thuật thời gian thực theo hướng hành động lén lút, lấy cảm hứng từ dòng game Commandos và Desperados. Người chơi chỉ huy một đội nhỏ và thực hiện nhiều hành động gián điệp, phá hoại và ám sát khác nhau, chẳng hạn như xâm nhập vào pháo đài được bảo vệ nghiêm ngặt và loại bỏ kẻ thù từ bên trong, giết/bắt giữ các mục tiêu đặc biệt, đánh cắp tài liệu quan trọng, nghe lén các cuộc trò chuyện để thu thập thông tin hoặc giải cứu các nhân vật khác. Đám lính canh của địch có một vật hình nón có thể nhìn thấy được mà các anh hùng phải né tránh để không bị phát hiện. Nhiệm vụ thường yêu cầu người chơi tiêu diệt kẻ thù giữa họ và mục tiêu một cách có phương pháp, sử dụng mồi nhử, bẫy và đâm sau lưng để giết mà không cần báo động. Nhân vật anh hùng dễ dàng di chuyển xác của những lính canh bị giết rồi giấu họ trong bụi rậm hoặc sau cánh cửa, để tránh bị kẻ khác phát hiện. Nếu vị anh hùng để lộ tung tích hoặc một xác chết bị địch tình cờ nhìn thấy, báo động sẽ được nâng lên và các cuộc tuần tra bổ sung sẽ được quân địch triển khai nhằm đảm bảo an toàn cho toàn bộ khu vực.

Anh hùng

Mỗi anh hùng có bộ kỹ năng riêng của mình.

• Hayato có một chiếc phi tiêu dùng để giết hầu hết kẻ địch ở khoảng cách xa mà không gây tiếng ồn. Anh ta cũng có một cái móc sắt mà nhờ đó dễ dàng leo lên các mái nhà ở bất cứ nơi nào có móc.
• Mugen là nhân vật duy nhất hạ gục samurai của đối phương chỉ bằng trận đánh trực diện. Anh ta cũng có thể dụ lính canh đối phương từ các chốt của họ bằng một chai rượu sake.
• Yuki có thể giăng một cái bẫy giết chết bất cứ ai bước qua. Cô ấy cũng có một cây sáo dùng để thu hút lính canh bằng âm thanh.
• Aiko dễ dàng cải trang thành geisha và tự do đi lại trên bản đồ, và chỉ những samurai của địch mới có thể nhìn thấy qua lớp ngụy trang của mình. Cô ấy có thể đánh lạc hướng lính canh đối phương bằng những câu nói đùa bình thường và âm thầm giết chúng bằng một con dao găm.
• Takuma có một khẩu súng trường hạ gục kẻ địch ở khoảng cách xa và không gây tiếng ồn, nhưng số lượng đạn của ông rất hạn chế. Ông lão cũng có một con thú cưng tanuki dùng để đánh lạc hướng lính canh của địch bằng cách nhảy nhót.